迟拖延，不敢开审。顺治皇帝便命王公大臣会同诸大学士审理。审讯时，唯郑亲王济尔哈朗（努尔哈赤弟舒尔哈齐之子）大声诘责李三，其余王公及大学士，如宁完我、陈之遴、陈名夏等皆缄口不言。事后，郑亲王诘问陈之遴，陈之遴说：“李三巨恶，诛之则已，若不正法，之遴必被其害。”（《思益堂日札》）堂堂重臣，如此畏惧一平民，也可谓骇人听闻了。在顺治皇帝的干涉下，李三及其党羽最终被杀。因为之前陈之遴抢先提出要立即处死李三，引发了人们猜疑他是要杀人灭口。在面临郑亲王济尔哈朗调查的压力下，陈之遴终于承认自己与李三有牵连，由此被免除大学士之职，从此失去了顺治皇帝的信任。］