令部、炮兵司令部以及航空兵司令部。
地方部队报请中央同意后，则组建合江军区以及松江军区、嫩江军区三个二级军区。各军分区不在由总部直属，而是划归二级军区建制。同时为了适应新的形势，军区在对现有各个分区进行一定调整的同时，也将新成立一批军分区。
在军分区调整上，杨震将老根据地的一、二、四三个军分区并入合江军区建制，三分区则并入新成立的松江军区。同时以原伪满滨江省辖区为基础组建五六两个军分区，龙江省辖区组建七八两个军分区。
以牡丹江、伪满东安省辖区组建直属军区建制的东安军分区和牡丹江军分区。而同时将二分区迁移到原伪满黑河境内，原二分区辖区转为一分区建制。牡丹江军分区、东安军分区因为地理位置重要，并不划归任何一个二级军区建制，由总部直属。
按照杨震的要求，地方部队除了在承担地方剿匪、保护工矿企业等重要目标，以及承担地方守备的任务之外，还要承担编制、整训地方武装的职能。在战时，可以直接转化为野战部队。每个军分区除了保留一个建制团的武装之外，还要有组建两个架子团。同时配合各县武装部承担征兵工作。
而两个直属总部的军分区，则是实打实的编组为三个团。这两个军分区，虽然只是旅级建制，但是由于目前战略位置至关重要，所以在所有军分区编制之中，是唯二保持满编建制的军分区。
这两个军分区不仅兵力配置与野战旅相等，而且这两个军分区，炮兵编制也与野战旅相同。同时为了保持对珲春以及伪满吉林省境内的日军保持一定的压力，这两个军分区还将各自编组一个骑兵营。
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