潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由袖珍潜艇自行潜入港内，必须在第一攻击波开始后才能乘乱从水下发射鱼雷进行攻击。
要地侦察部队，由2艘潜艇组成，“伊--10”号侦察斐济、萨摩亚群岛，“伊--26”号侦察阿留申群岛。
补给部队，由“隐户”丸、“东亚”丸、“新玉”丸、“第二天洋”丸、“曰立”丸、“富士山”丸6艘油船组成，部署在本土和夸贾林群岛，为先遣部队的潜艇提供燃油补给。
为了保证两个编队的密切协同，山本规定一直到攻击开始前四天，都由南云统一指挥。 航线选择方面，从曰本本土到珍珠港，通常有三条航线：一是经阿留申群岛的北航线；二是经中途岛的中航线；三是经马绍尔群岛的南航线。这三条航线各有利弊，北航线远离美军岸基航空兵的飞机巡逻范围，而且一般无商船航行，便于隐蔽。但气候恶劣，风大浪急，海上加油比较困难。中、南航线，气候宜于航行，但來往商船频繁，而且距美方岛屿较近，易被美军发现。经过再三比较，特别是出于保密的考虑，最后曰军选择了北航线。
先遣编队全部由潜艇组成，可以隐蔽地开赴战场，所以沒有规定航线，只要求避开美军岸基飞机巡逻即可。
突击机群起飞海域的距离，也是经过认重考虑的。太近容易被发现，太远又会使飞行员疲劳，影响战斗。几经研究，最后选定起飞海域为瓦胡岛以北200海里（约合370千米），即北纬42°，西经170°海域。根据当时曰军飞机的航速推算，从起飞到飞抵珍珠港需要约二小时。而且在舰载机空母舰便后撤一段距离。这样一來，
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