清军带信入城劝降，结果遭到清军的拒绝，于是郑军收罗各种木料打造云梯等攻城器械准备强攻。
二月二十八日，押解着丁、马两部三千七百余降兵的郑军左勇卫师和左龙骧师开抵琼州城下。至此，连同八千新附军在内，郑军已经集结了二万二千余人的庞大兵力以及六十余门各式火炮，一场必然血腥的攻城战即将拉开帷幕。
三月三日，在三寸半炮的雷鸣声中郑军发起第一波攻击，数千新附军在郑军的驱赶下冒着城头的弹矢先在河口河（注：即美舍河）中用沙袋填埋出十几条数人宽的通道并架设了若干座简易的箱式浮桥，接着又两度攻上城头。守城清军殊死抵抗，虽然二度打退郑军的攻势，但却在郑军支援的炮火中损失极为惨重。
三月四日，在万泉河抓捕的五千多清军俘虏在郑军的押解下也开到琼州，当即填入新附军各队，吴淑亲自向新附军训话，确保城破之后保证他们的生命。正是依靠着新附军们爆发出来的求生欲望以及兵力上的绝对优势，郑军在自身未付出任何伤亡的情况下于这一天的下午未时三刻夺取了顺化门（西门）外的子城。
三月五日，残余的八千多新附军分四路攻打琼州，清军疲于应对，遂在当天午时前后丢失了永泰门（东门）、靖南门。夺门而入的新附军一面顺着城墙向顺化门攻取，一面直扑知府及总兵衙门，双方在长街上捉对厮杀，血流成河。
清军是越打越少，而源源不断的新附军却杀意正浓，因此胜利的天平不言而喻的倾向了明郑一方。下午未时中，琼州府衙大堂二堂失陷，琼州知府选择上吊尽忠。又过了不但半刻钟，琼州总兵也在捍卫总兵衙门的过程中战死在昔日
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