最早的国家药局，也使药物管理纳入国家法制管理的范围，由国家控制药物贸易，实行专营，制止商人投机，对制药实行监管。“官药局”创办后，率先颁布了药物标准《太平惠民和剂局方》（简称“局方”），推行了成药，降低了药价，对人民的身体健康和疾病的救治、药物的贸易发展等都产生了很大的作用。宋代还曾以法律形式规定了医生的职业道德及医疗事故的责任，凡利用医药诈取财物者，以匪盗论处；庸医误伤致人死命者，以法绳之；主管官员不恤下属病苦者，亦予惩处。
到了元代，蒙古人占统治地位的大元朝廷在设置御药院、典药局等管理机构为皇室贵族修制御用药物及和剂的同时，还设置有面向民间的药政机构，如“广惠司”、“广济提举司”、“大都惠民局”、“回回药物院”等等。
到了明初，朱重八先是设置了医学提举司，洪武三年（1370年）后又在太医院下设惠民药局、生药库，局库各有大使一人，副使一人。其职责为“凡药，辨其土宜，择其良楛（楛：恶也，劣也），慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收储生药库，时其燥湿，……礼部委官一员稽察之……”
事实上明郑自跨海收复台湾之后就因为海岛苦疾、缺医少药而十分重视医疗的问题，不过在郑成功时期主要是以军医体系为主。到了郑经开拓台湾时代，随着入迁军民逐渐扎根以及人口滋长，简单的军医体系已经不能满足百姓的需要，因此，郑经便重设了太医院来主掌明郑的医疗。不过，正当明郑医疗制度日趋完善之际，西征大陆打断了这一进程。此后，随着连绵的战事，太医院始终未能完善的运作起来，只是担负着为郑克臧
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