，作为事实意义上的水师学堂，台江队将负责对各队水手及武官进行操船、针路等方面的基础培训和指挥单一战船及小船队的进阶训练，该队统领由猎鲸乙营营官唐慎之出任。
郑克臧预计在未来两年内将台江队的职责移交给淡水队，在移交职责及部分舰船的同时，台江队将逐渐接收新建的夹板船，使之成为与打狗队一样的远航舰队。等台江队完成换装之后，郑克臧还将再陆续为鹿港、澎湖两队换装，最终郑军水师将实现主力夹板船化，只保留淡水队作为一支己训练、实践一体的混合舰队。
由于在淡水队完成换装之前，明郑无力把太多的力量投放到大陆，为了防止清军可能的反扑，所以陆师的整编也刻不容缓。为此，郑克臧首先宣布以童子营为幼武学，并以童子营的模式组织了武学。今后幼武学提供下级武官，而武学则负责普通士卒晋升武官的教训以及武官的进阶强化教学任务。
武学的设立让郑克臧有名义将大量的原郑军中级将领调入学习或是充任教习，再加上之前将黄良弼、徐青等镇将转入文途，原本对郑克臧不服帖的原郑军各大军头已经不复存在了，所以郑克臧得以进行下一阶段的军事改革。
永历三十七年十一月初一，郑克臧正式下令将郑军原来各镇的名号统统取消，至于镇将、总兵、副将、监督、监理、协将等官位也一并开缺。随后，郑克臧又对童子军的体制进行改良，以此重新组建了左右武卫、左右虎卫、左右勇卫等六师。
所谓“师”，并非郑克臧依据方明的记忆在杜撰一个编制，要知道在《易经·师卦注》中有“多以军为名，次以师为名，少以旅为名”一说，《疏》中也有“
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