郑克臧又提议在万年州以南设置一个新县，后经朱锦批示，定名为凤山，治所在打狗港（注：即高雄港）——这一次郑克臧坚持了自己在沿海设治的主张，鉴于打狗的位置在安平以南，没有被清军利用的可能，陈永华默认了他的要求——以刑官柯平之子、娶了朱成功养女柴氏为妻的大将军仪宾柯鼎开为首任凤山知县，此时凤山共有户口五千户，境内分为四里，另有番社十四。
当然地方政务只是郑克臧参与藩政的一部分，郑克臧更多的精力集中在整军之上。此时郑军除童子军一镇和勇卫军四镇以外悉数残破，个别的镇甚至只有不到百人的残余兵员，已经到了不加以整顿不可收拾的地步。
于是郑克臧请旨以刘国轩为总督，总管陆师整编，进一步裁撤残破各镇，分置汛兵，到了五月中，陆师初步整顿完毕，此时郑军主力除童子军以外包括勇卫军四镇在内尚有二十九个卫、镇计二万余人，另外还有三千五百名官兵分为二百五十九个汛，分守诸罗、凤山等地戎镇社番、绥靖地方。
五月底台湾突降冰雹，以上天示警与民生息为由，郑克臧说通朱锦再释五千老兵返乡耕种以加强明郑政权对东宁各地的控制，至此郑军陆师的兵力最终限定在一万五千人，不过童子军逆势扩大为两镇四标十六营约计三千人，其中半数为黑人奴军。
除了对陆师进行整顿以外，郑克臧还委任宿将林升为水师总统驻兵澎湖整理水军。不过水军的整顿较为复杂，各镇山头林立，即便林升也无法压制，因此迟至六月初才完成整顿，期间还出现朱天贵因不满整顿结果率一部人船投靠清廷的变故，最终郑军水师只余各种战船三百只，水军总兵力二万七
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