另一边，刘锡彤也在积极行动，十月十二号一早，他便将连夜写好的呈文送报杭州知府陈鲁，称杨乃武涉嫌通奸谋毒，要求革去其举人身份。按照清朝制度，革去功名需由巡抚上报朝廷具题。陈鲁与刘锡彤关系密切，见刘锡彤一再强调事关重大，也极为重视，立即呈报给浙江巡抚杨昌浚，再由杨昌浚向朝廷具题。吏部接受具题后，研究是否批准革去杨乃武举人时，同治皇帝知道了此事。这位皇帝自登上皇位那一天起，便一直生活在其母慈禧太后的阴影下，处处受到掣肘。不过他有一位很好的皇后阿鲁特氏，帝后感情很深，因而最恨奸夫淫妇这类的事，便亲笔在杨昌浚的具题上批道：“杨乃武著革去举人，其因奸谋死本夫情由，著该抚审拟。”
在批文下达前，监生吴玉琨、詹善政等人联名向刘锡彤递交了公禀呈词，联合证明杨乃武十月初五人在南乡，根本不可能当面交给小白菜砒霜。刘锡彤便安排杨乃武与小白菜当面对质。小白菜害怕受刑，一口咬定原供属实。杨乃武当场破口大骂，怒斥小白菜信口雌黄。小白菜默然低头，内心无限愧疚。由于革除杨乃武功名的批文还没有到达，刘锡彤不便对杨乃武用刑，但认为根据小白菜的供词已经开始定案，便当场判定吴玉琨等人是作假证以为杨乃武开脱，只将结果详报上司杭州知府陈鲁。
！｝十月二十日，刘锡彤将人犯杨乃武、小白菜，人证喻氏、王氏、詹彩凤等及相关卷宗解押到杭州城，但却有意扣押了吴玉琨等人递交的杨乃武十月初五不在余杭的证词，没有上交。不但如此，刘锡彤还亲自赶到杭州，上下活动，将小白菜“十月初五日杨乃武亲自交给我砒霜”的供词改成
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