随即，中亚其他地区也相继爆发骚乱和暴动，整个中亚有400万当地土著参于了这场暴动。
这次起义并无统一领导，其间，中亚当地人与外来的俄罗斯族、乌克兰族移民之间发生了盲目、血腥的民族冲突和仇杀，各方死伤很多，而俄族移民损失最大，受害者多数是留守的老弱妇孺，因为青壮年男子都上前线了。但是，到沙皇政府开始镇压暴动后，吉尔吉斯人等原住民又成为主要受害者。受当局挑唆，外来移民也开始残害本地居民——不论其是否参加过暴动。陷于恐怖的大批吉尔吉斯人逃往中国避难，在伊犁军区出兵中亚之前，新疆等地地方政府共收容了来自中亚的六万多难民。他们为国防军提供了不少的向导跟翻译。
从1916年7月17日起，沙皇当局成立了讨伐队，将吉尔吉斯人赶入山中，如猎杀动物般地消灭了很多吉尔吉斯人。这些行动不是个别人的残暴行为，而是得到了政府命令。讨伐队有计划地消灭妇女和儿童，意在将俄罗斯族和吉尔吉斯族从民族、地理上隔绝，将吉尔吉斯变成一个纯俄罗斯地区。受当局挑唆，外来移民也开始残害本地居民——不论其是否参加过暴动，陷于恐怖地大批吉尔吉斯人逃往中国避难。
吉尔吉斯人可能是与中国人血缘非常相近地民族，史书记载汉将李陵率五千人与匈奴作战，兵败投降。被匈奴单于封为坚昆部首领，这坚昆地区就是现在的撒马尔罕即吉尔吉斯人的聚居地。显然，这支残余地军队就在当地扎根娶妻生子，参与了吉尔吉斯民族地形成过程。
因为有这一层的关系在里面，李汉亲自下达了指示，从逃往新疆的吉尔吉斯人中挑选出了三千名年轻且对俄国
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