，清光绪十七年，被保送入天津武备学堂第二期。光绪二十一年毕业，以精于德国操法而留堂任班长，并协助教练军操。
后来，袁世凯在小站操练新军，他便随之前往任教练。第二年处升任新建陆军督队稽查先锋官。光绪二十八年5月，袁世凯奏设军政司在保定编练常备军，李纯任教练处（总办冯国璋）提调，因与袁世凯小妾杨氏为同乡，并且他本人也极其擅长经营，结果备受青睐。光绪二十九年初，升任京旗常备军（铁良任翼长）骑兵营管带；5月北洋新建陆军第一镇（统制官王英楷）成立，他任该镇骑兵营管带。
光绪三十一年9月，李纯参加清军河间秋操，在大操场里唱操，声震全场，为袁世凯称赏，随即升任第一镇第二协第三标统带，驻军北苑，从此成为袁世凯的亲信。
后西太后逝去、摄政王载沣获得滔天权势，眼看满朝尽是倒袁之声，李纯及时审时度势，凭借着当年他在京旗常备军任管带时曾对铁良多般照顾的关系，经铁良（铁杆的倒袁派）保荐给摄政王载沣由参将升为副将，调任北洋陆军第六镇第十一协统领，并兼第六镇随营学堂监督，驻军保定。
这几年来，眼看老袁复起无望。李纯就跟其他的原小站军官一样，不遗余力的淡化自己身上小站系的影子，更是在今年初，获得清廷封赏的陆军协都统衔。
原本这一切都该十分美好的，自投效了摄政王载沣之后，虽说他乃汉人的身份注定得不到摄政王载沣的完全相信，但是这位权倾朝野的觉罗新贵御下手段也是不凡，日后升任一镇统制在他看来也不是不可能。
只是随着十月湖北的一声枪响，伴随着南方以孙黄为首的一
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