但了分家之后，就各有各的利益，想让吉川、小早川两家不计自家的得失，全力扶佐主家，根本就是不可能。
在第二代毛利隆元、吉川元春、小早川隆景的时候，毛利两川尚可团结合作，将毛利家推上了高峰，在丰臣秀吉时代，领地一度高达一百二十万石，但到了第三代之后时，就开始各怀私心，才有了吉川广家、小早川秀秋在关原合战之中不顾大局利益，一个按兵不动，一个倒戈投降，最终导致西军失利。
另外当时的毛利家主毛利元辉被推为西军的总将，但在关原合战的时候，毛利元辉却身在大阪城里，劝丰臣秀赖亲临战场，而西军战场的实际指挥者是石田三成，尽管石田三成对丰臣氏的忠心不二，但资历威望却不足以服众，根本指挥不动一些老资格的大名。
在后来也有人认为，毛利元辉其实也不希望西军获胜，才故意逗留大阪，而不去关原，否则如果毛利元辉亲临关原战场，指挥西军，结局就不一样了，因为毛利元辉的资历威望可不是石田三成可比的，有他在军前坐镇，吉川广家、小早川秀秋也未必敢妄动，致少毛利秀元不敢不出战。
因此从另一个侧面看，关原大战实际上是一场由毛利氏主导的战斗，不论一方总大将或是扭转乾坤的角色，其实都是由毛利一族所承担，最后的胜利者徳川家康，实际只是这一战中的配角，只是这个决定性角色最后却换来的却是一个悲痛的后果。
在关原合战之后，毛利元辉虽然保住了长州藩位，但领地从一百二十万石削致三十九万石，吉川广家虽然在战场上帮了徳川家康一把，但却被毛利家视为叛臣，领地也从十四万五千石削致三万石，而小早川秀秋
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