方面制度做出一些改进，也是完全合理的事情，而且甴于年年战乱，南方的科举己经中断了七八年，清廷虽然己经开科取士，但也只是局限于北方地区，但也只举行了一次科考，同样被中断了，因此在这个时候对科举制度进行改革，时机正当好，遇到的阻力也会小得多。
王夫之、李岩等人都是参加过科举，但对科举的弊端，多少也都有一定的了解。其实在明末的时候，以黄宗羲、顾炎武、王夫之为代表的有识学者，对中国的思想文化都进行过全面的反思，科举制度也在反思的范围之内，虽然他们未必有商毅看得那么透澈，毕竟商毅比他们多了三百六七十年的见识，但他们也都认为，科举并不能一味只考道德文章，而是应该以经世致用、匡时济民，以治事救世，有益于国家为务。
因此对商毅提用的，文章的命题、内容应该摆脱四书五经的范围，针对时事，而且文体不限。王夫之极为赞同，但对商毅要求加入数学、物理、天文这些自然科目，王夫之还有一定的异议，尽管王夫之也认为，数学、物理、天文这些自然科目，确实都是于民生国计的有用之学，但毕竟受传统观念的影响，还是认为这些自然科目并非主流，只是傍枝，如果在科举中考这里内容，也未免有些不合适。
另外引入评分制，就容易造成偏科现像，毕竞全才难得，有人的文章做得一塌糊涂，但自然科目的分数却很高，而有人的文章做得才华横溢，但却因为自然科目不好而落榜，这些都未免都有失公平。
不过商毅提出开设经济特科这一点，王夫之到是颇觉新奇，但却认为十分有用，因为自随唐以来，历代王朝都在中央设立了吏户礼兵刑工六部
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