，还要慢慢补充，因此商毅也决定，原来的船员水手只要经过调查，没有参与这次大屠杀的，也全部留用，归为吕宋舰队的成员。
这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都已经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治已经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
而这时西班牙人已经彻底被中华军打败，一个强大的当地土著也几乎被灭了族，现在整个吕宋群岛地区都是中华军的天下，而在这种强大的武力面前，还有谁敢和中华军作对，因此吕宋岛的其他各部落土著，以及其他教会的传教士们，还有吕宋岛以外，其他各海岛上土著部落的酋长头人，在耶稣会的传教士的劝说下，也都纷纷来到马尼拉城，向中华军表示臣服。
等众人差不多聚齐之后，商毅首先下令举行审判大会，将在这次大屠杀中犯罪的人员进行公开处理，被处以死刑达到一千五百六十六人，包括总督查孔在内的所有西班牙士兵，大主教弗朗西斯科等三十二名传教士，以及阿诺基三世为代表的一批土著。当场执行枪决。参加审判大会的土著酋长头人们也都吓得心惊肉跳。而其他在马尼拉城里居住的西班牙人、待从，以及归附西班牙殖民者的土著，则都处以五到十年的苦役。
随后商毅才招集众土著酋长头人们，先严厉的将他们训诉一顿，指责他们附庸西班牙殖民者，欺压华人的行为。这一点到并不冤枉这些土著，虽然他们并没有像邦班牙部那样，直接充当西班牙殖民者的帮凶，但占华人一点小便易的事情，多少也都做过一些。只是有了大坏人，也就显不出小坏人来。但现在世道变了，大坏人已经被打倒，不少酋长都在想，
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