省、直辖市——市（分省会市和地级市两种）——县——乡、镇四级。而在乡、镇以下，还设村一级单位。
现在自己占领的地区，分为山东、湖南、江西、浙江四个省，南京一个直辖市，台湾暂时划规浙江省管理，而各级行政长官、行政机构的名称也沿用后世的习惯，省称省长，行政机构称为省政府，市称市长，行政机构称为市政府等。但村级单位叫村委会，建立了人民公社的村，则和为公社委员会。各级行政长官都由杭州行政部指派，不过村级由本村自行选举村委会或公社委员会。
对于商毅制定的这些行政机构，众人也没有多大的异议，其实也就是名称区别，所谓省长、市长，也无非就是巡抚、知府换个马甲罢了。因为毕竟商毅现在还没有正式扯旗自立，还不方便使用原来的官职名称；而且如果以后商毅真的开国立朝，使用新的名称，也表示新朝的新气像，与旧朝的区别。这也是顺理成章的事情。
当然商毅制定的这些行政机构和明朝最大的不同在于，县级以下还设立了乡镇一级，乡镇下面还设有村一级。而在此前历代，最小的行政单位都是只到县一级。县以下的乡、村虽然没有里正、乡老、亭长一类的官职，但都只能算民间组织，不属于国家干部。这也造成了中国古代国家对社会最基层，几乎是一片空白，没有任何实质性的管理。也使古代社会基层实际被胥吏、地方豪强勾结把持的局面，不仅使国家的法令难以得到很好的实施，而且还加重的基层人民的负担。
不过商毅在浙江的时候，就己经建立了乡镇——村一级的行政机构，事实也证明，这样的行政机构，对于控制地方基层，确实十分有效，不
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