就此退出了军中，回到了南京城荣养。
但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。
除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。
刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。
至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。
整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。
至于海军方面在平定海南岛之后，提出的要出兵征讨台湾，逐走霸占台湾的荷兰人之事，肖天健暂时给压了下去，原因无他，只因为随着南方诸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方倾斜，尽快解决盘踞在辽东的建奴，暂时肖天健不想两线用兵，只等解决了建奴这个大麻烦之后，他才会下手解决台湾甚
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