郑家多少船只和水手让他们今后继续行商之用，便成了关键的问题。
在这件事上，其实双方之前也是有过商议的，大中朝提出可以给郑家留下二百条四百料以上的海船，作为他们今后行商之用，其余船只则交给大中朝官方进行处置，而那些郑家水卒，则按照他们的意愿决定去留，愿意留在郑家手下继续做事的人，可以留下，愿意加入大中朝海军的，则可以接受整编。
但是现在郑家投顺有点晚，作为惩罚，原来的大中朝提出的条件便不能继续执行了，按照肖天健的指示，在原来的额度上大刀一挥裁去一半，原来二百条船，现在只许郑家保留一百条，而人员方面也仅仅允许郑家保留三千人，其余的全部交由大中朝来进行甄选之后另行安置。
郑家对于大中朝提出的新方案颇为不满，但是现如今他们也没有继续反抗的余地，只能听命于大中朝的安排。
另外肖天健招郑芝龙以及郑家上下受封之人赴南京面圣，说要亲自册封郑芝龙以及郑家上下受封之人，以示恩典。
对此郑家上下颇为担心，有心想要不去，但是这个时候郑军上下军心已散，而且随着朝廷敕令下达之后，石冉和刘耀本各率一万精兵，分头进入到了泉州府和漳州府，并且分出一部分兵力接管了汀州府。
在大中军的兵锋之下，郑芝龙有心想要不去南京，但是这个时候却找不到一个合适的理由来拒绝，否则的话摆明了就是抗旨不尊，那么接下来到底会发生什么，郑家上下无法预料。
于是无奈之下，郑芝龙只得谢恩领旨，表示会尽快赴南京听封，但是在他们家族内部商议之后，郑芝龙还是让郑芝豹托病为理由，留在
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