革开放，段飞执掌的锦衣卫竟然都没得到什么看得到的好处，大家心中都有些迷惑不解，不过现在锦衣卫日进斗金，大家手里都得了实惠，见自己的大头领每天忙着赚钱，以为他志仅在此，也都没了话说。
事实上段飞在忙着会见商人，部署渠道，扩大研究所规模，增加产品研发力度之外，他也在紧锣密鼓地对锦衣卫进行深化改革，他要把锦衣卫建设成为一个效率更高、如臂使指的更现代化的机构。
锦衣卫的组织结构被重新规划，重新划分为七大部门，战斗部、安全部、研究部、内情部、外情部、纪律部、礼仪部、后勤部、秘部。
其中战斗部由华明为首，焦旭焦阳为辅，负责锦衣卫主要作战力量的训练和作战，安全部分内外两个，其中竺羽负责外安全部，罗超辉负责内安全部，安全部的任务多是机密，譬如狙击、暗杀什么的，不是很机密的就交给内安全部，必须非常机密的，就交给外安全部。
研究部暂时还是由火者亚三负责，他再获重用，现在对段飞感激得五体投地，研究部的人现在已经有一定自由，不过为了安全着想，他们出外都必须有内安全部的人跟着，以防万一，研究部已经大肆扩张，下面分设军械所、物理所、化学所、数学所、医学所、五个主要研究所。
内情部有王佐负责，外情部交给江悦，专门负责收集国内外的情报，纪律部由王平负责，专职督查锦衣卫内部的贪污、渎职等问题，谢志钧和史羽峰负责后勤部，负责采买、供应各部所需，必要的时候还要负责支援，是一个极为繁琐也很重要的部门。
至于秘部，它的负责人竟然是刚提拔上来的锦衣百户罗志成，秘部
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