代属于奴尔干都指挥使管辖，清代由三姓副都统管辖。1689年，清朝与沙俄签订的尼布楚条约中明确规定庙街属于中国。1850年，俄国海军军官涅韦尔斯科伊率兵潜入黑龙江口，在此升旗占地，建立哨所，并以沙皇尼古拉一世的名字将该哨所命名为尼古拉耶夫斯克。后来在1858年所签订的《瑷珲条约》及1860年所签订的《北京条约》而割让给沙俄。
在黑龙江入海口有二块明代刻碑，一个是永乐十一年（1413）“永宁寺记”，还有一个是宣德八年（1433）“重修永宁寺记”。“永宁寺记”碑，碑高179米，正面为汉文，背后为蒙古文，下刻蒙古文和女真文，两侧上下还用汉、藏、蒙古、女真刻写的六字真言。“重修永宁寺记”碑，碑高206米，碑文用汉字记录了重修永宁寺的事情。这二块碑是明代继前代管辖黑龙江、精奇里江、乌苏里江、松花江流域以及库页岛的重要物证。1904年，二碑被移至海参崴博物馆，后来下落不明。
1917年，俄国十月革命取得了胜利，苏维埃政府决定将沙俄侵占的黑龙江航权归还给中国。当时的北京政府海军部建立了吉黑江防舰队，舰队由江亨舰、利捷舰、利绥舰、利川号武装拖船、靖安号运输舰组成，于1919年9月到达庙街，受到当地二千多华侨的热烈欢迎，后因多种原因，最终还是没迎回庙街、库页岛。