国民党上海交通部发出紧急通告，叫全体党员“一律臂缠黑纱为宋先生服宋教仁遗影丧”。孙中山在东京接到噩耗，于25日匆匆赶回上海，参加治丧典礼，并亲笔撰写挽联如下：“作民权保障，谁非后死者！为宪法流血，公真第一人！”
这是民国成立以来第一次发生的政治大血案。过去彭家珍刺死良弼，周符麟暗杀吴禄贞，黎元洪勾结袁世凯杀害张振武，都曾震动一时，但都不及这次血案影响之大。这是因为，这次血案的被害人是国民党的领袖之一，此时国民党与北洋派明争暗斗，“武力统一”与“二次革命”之说甚嚣尘上，而这位国民党领袖又是一个主张调和南北的温和派，此番被人暗杀，可能引起又一次南北战争。因此全国人心惶惶，预感大祸将临。
此案发生后，全国各方面纷纷揣测，这件政治谋杀案究竟是谁主使的呢？袁世凯是惯于用暗杀手段对付政敌的老手，可能是他主使的。但是，国民党已经公开表示拥护他为正式总统，宋教仁又是主张与他继续合作的中坚分子，杀一宋教仁而与国民党破裂，南北统一之局也将不保，对袁有何好处？从这一点看来，此案又不像是袁所主使的。
仅仅隔了一天，这个问题的答案就非常清楚地摆出来了。
3月23日，有一个做古董生意的河南人王阿发，跑到四马路中央巡捕房自行投案。他说：“十天以前，我在文元坊应桂馨的家里兜售古董。他给我一张照片，叫我下手暗杀此人，许我事成之后酬洋一千元。我是一个安分守己的生意人，没有干过杀人勾当，所以一口拒绝了。今天看见报上登出来的宋先生的照片，正是应桂馨叫我暗杀的人，所以特来投案说明。
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