开始立刻着手战备工作。欧阳云在和陈诚、冯玉祥等人商量过后，认为为了适应可能到来的超级大战，有必要对各部队各站区重新编组，在冯玉祥的建议下，遂决定统一不再一军分两个系统，将国防军和学兵军合并，统称为国土防卫军即国防军，其下分海陆空三军以及特炮部队（即特种火炮作战部队）。再根据作战、防守疆域以及作战任务对各部队进行重新编制。
重新编制之后，最高统帅部旗下将设远东军区、华南军区、华中军区、华北军区以及华西军区、东亚远征军司令部、东南亚远征军司令部、中东军远征司令部。因为华南、华中以及华西地方现在以及将来都不可能有对外作战任务，这些军区除华中和华南多设一个内河或者近海舰队，华西将只保留一个陆军集团军、一个空军司令部的编制。最高统帅部的构想中，远东军区将主要应对苏俄方面可能出现的威胁，而华北军区将负责光复东北三省以及出征朝鲜；东亚远征军将负责对日本本土用兵；东南亚远征军则负责对付东南亚日军以及可能出现的美军和英军；中东远征军则负责中东战事，主要为中东盟国提供保护以及策应东南亚甚至欧洲的战事。国内暂无战事的军区削减下来的兵力将全数并入一线军区或者司令部，因为最高统帅部有意在最短的时间内解决日本问题，所以东亚远征军的实力在原有基础上得到了极大的提升，其规模猛增至五个集团军、三个航空兵团以及两支舰队。中东方向虽然暂时并无战事，但是考虑到在该地区保持一定的军事威慑力将有力的缓解东南亚远征军的压力，故保持现有兵力不动。几大远征军中，东南亚远征军的实力本来就排在第二位，调整过后依旧如此，而与
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