辩论，一定要旷日持久，然后听取法官裁决，不服亦可上诉，官司要打到终审法庭为止。不幸这是民国初年的中国，黄兴于4月13日所撰的挽宋联说得最明白：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
一部分国民党人主张静候法律解决，另一些国民党人主张武装讨袁。因为天机泄露，袁世凯一面使尽浑身解数掩盖真相，一面调兵遣将，准备用武力镇压南方革命力量。孙中山后来决定以武力讨伐袁世凯，史称“二次革命”。1913年6月，袁世凯的军队南下，战幕拉开。国民党被迫应战，最终因为势单力孤，讨袁军经不起袁世凯的轻轻一击，便一败涂地。孙中山、黄兴被迫重走海外作流亡客。
至此，追查宋教仁被刺一案又被战乱的洪流所淹没。然而，天网恢恢，疏而不漏。参与刺杀宋教仁的罪犯相继死于非命。
“二次革命”后，被关押在海运局兵营里的应桂馨，趁着上海大战前的动乱之机，与门徒内外应合，于7月中旬逃出囚牢，乔装打扮后去了青岛，蜗居在租界里深居简出。到了11月“二次革命”失败，国民党首脑纷纷流亡日本，应桂馨以为死对头死的死逃的逃，他的出头之日到了，便公开在报上发出《请平反冤狱》的通电，同时还拍电报给袁世凯，要求给他补偿。
可他久久不见回音，便按捺不住了，亲自赶到北京，住在同和旅馆，并给袁世凯写了一封信，报告自己已来到北京，要袁世凯履行当初“授二等勋章、奖金50万元”的诺言。信发出后，他就守在旅馆静等佳音。然而左等右等，一个多月过去了，
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